Si bien la política educativa de la administración del presidente Plutarco Elías Calles no abandonó la obra de José Vasconcelos, el entusiasmo del periodo anterior disminuyó. En efecto, la administración iniciada en 1924 continuó la empresa contra el analfabetismo en todo el país, fueron establecidas 5 mil escuelas rurales más, se ampliaron las misiones culturales en todo el territorio, las escuelas primarias en las zonas urbanas y las escuelas para obreros y las técnicas e industriales fueron reimpulsadas. Pero la energía y la disposición al sacrificio del periodo de Vasconcelos comenzaron a desaparecer.
A pesar del enfriamiento de la obra vasconcelista, la Secretaría de Educación promovió nuevas aportaciones al sistema educativo: creó la Casa del Estudiante Indígena, proyecto que fracasó al poco tiempo; estableció la Escuela Nacional de Maestros, bajo la dirección de Lauro Aguirre; amplió la Universidad con nuevas escuelas y facultades; pero el logro más importante fue la creación del sistema de escuelas secundarias en el Distrito Federal. Este último asunto se debió a que la Escuela Nacional Preparatoria era cada vez más insuficiente para atender a quienes aspiraban realizar una carrera universitaria.
El sistema educativo daba pasos adelante para lograr lo que la Constitución obligaba al Estado en la formación de los ciudadanos. Sin embargo, la Iglesia católica, en su afán por conservar su poder en las escuelas, violaba constantemente lo dispuesto en el artículo tercero constitucional, esencialmente el carácter laico de la educación. La clausura de las escuelas católicas por no sujetarse a lo dispuesto, principalmente al artículo quinto del reglamento de la Secretaría de Educación, representó una de las razones del conflicto político-religioso en el país.
En consecuencia, el clero católico inició un boicot contra la escuela oficial y obligó a los padres de familia, bajo amenaza de ser excomulgados, a sacar a sus hijos de las escuelas públicas. Esta situación se repitió en varios estados del país y ocurren dos situaciones antagónicas: por una parte, las escuelas del Estado fueron abandonadas y, por otra, la Iglesia abrió escuelas-hogares donde los niños recibieron enseñanza de sacerdotes y fieles católicos. Lo más grave fue que los avances que el Estado había conseguido desde Vasconcelos se venían abajo con esta actitud beligerante del clero.
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